Οι εθνικές εκκαθαρίσεις - Γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου - που θα γίνουν την περίοδο του Α' Παγκοσμίου Πολέμου, καθώς και αυτές που θα ακολουθήσουν την περίοδο 1919-1922 θα καθορίσουν τη μοίρα του ποντιακού ελληνισμού και θα ανατρέψουν πλήρως τη φυσιογνωμία της περιοχής.

Η καταστροφή αυτής της φυσιογνωμίας - η οποία είχε διαμορφωθεί από την αρχαιότητα - επισφραγίστηκε με την ανταλλαγή των πληθυσμών που επέβαλε η Συνθήκη της Λωζάννης μετά το πέρας του ελληνοτουρκικού πολέμου του 1919 - 1922 και ολοκληρώθηκε με τη συμφωνία της Άγκυρας του 1930.

Ο Πόντος, η «βαθειά Ελλάδα» των μεσαιωνικών χρονικογράφων, όπως και η υπόλοιπη Μικρά Ασία και η Ανατολική Θράκη, θα μετατραπούν - εκτός από «χαμένες πατρίδες»- σε μυθικούς, εξιδανικευμένους «ου τόπους» αναφοράς στη μνήμη των προσφύγων. Θα συνεχίσουν να υπάρχουν ως ονόματα δρόμων και ως μνημεία, στα απειράριθμα προσφυγικά χωριά και πολιτείες στην ελεύθερη Ελλάδα.

Ένας σημαντικός παράγοντας που εμπόδισε την πραγματοποίηση μεταρρυθμίσεων στην Οθωμανική Αυτοκρατορία και απόδοσης ίσων δικαιωμάτων σ' όλους τους πολίτες, ανεξαρτήτως θρησκεύματος, ήταν ο νεαρός τουρκικός εθνικισμός. Με την εμφάνισή του ο όρος "Τούρκος" άρχισε να αποκτά θετική σήμανση, ενώ για πρώτη φορά ο χώρος που καταλάμβανε η Οθωμανική Αυτοκρατορία αρχίζει να περιγράφεται ώς "Τουρκία".

Μέχρι εκείνη τη στιγμή το ισλάμ και οι νέες παντουρκιστικές ιδέες δεν σχετίζονταν με συγκεκριμένο εθνικό έδαφος.

Ο νέες εθνικιστικές απόψεις που εμφανίζονται καθορίζουν ως εθνικό χώρο των Τούρκων μια εκτεταμένη περιοχή από το Αιγαίο έως τη θάλασσα της Κίνας. Το παντουρκιστικό κίνημα στοχεύει ακριβώς στη δημιουργία αυτής της νέας τουρκικής αυτοκρατορίας, όπου δεν θα υπάρχει θέση για κανένα άλλο έθνος, εκτός απ' αυτό των Τούρκων. Ένας από τους πατέρες του παντουρκισμού, ο Ζιγιά Γκιοκάλπ (Giokalp) πρότεινε ανοιχτά την υπέρβαση της χαλαρής, πολυεθνικής και θρησκευτικής Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με την μετατροπή των ομάδων που ζούσαν σ' αυτήν σ' ένα συμπαγές ομοιόμορφο τουρκικό σώμα (compact body). Tις απόψεις αυτές υλοποίησαν οι Οθωμανοί αξιωματικοί που είχαν βρεθεί στη Γαλλία, και προσπάθησαν να ντύσουν με τις αξίες του διαφωτισμού τις ρατσιστικές επιδιώξεις του παντουρκισμού. Τον Οκτώβριο του 1911 οι Νεότουρκοι -ως κυβέρνηση της χώρας- αποφάσισαν σε συνέδριό τους την εξόντωση των μη μουσουλμανικών εθνοτήτων και τη βίαιη τουρκοποίηση των - πολυεθνοτικής καταγωγής - μουσουλμανικών πληθυσμών.

Η αφύπνιση των κατακτημένων λαών είχε οδηγήσει στην απελευθέρωσή τους στη Βαλκανική.

Στο βαλκανικό Νότο έγινε κατορθωτή η δημιουργία ενός μικρού ελληνικού βασιλείου, ως απόρροια της μεγάλης ελληνικής αντιοθωμανικής Επανάστασης που άρχισε το 1821 . Η συμμετοχή του Πόντου ανιχνεύεται στη στρατολόγηση Φιλικών, στη συμμετοχή εθελοντών στον Ιερό Λόχο και στις επαναστατημένες περιοχές, και στη συμμετοχή των μεγάλων ποντιακών οικογενειών της Κωνσταντινούπολης.

Σημαντική εκπρόσωπος της ποντιακής συμμετοχής υπήρξε η οικογένεια των Υψηλαντών, η οποία, όπως και η άλλη ποντιακή οικογένεια των Μουρούζηδων, έδωσαν τα πάντα στον Αγώνα. Η οικογένεια των Υψηλαντών ενσάρκωσε με τον πλέον αποκαλυπτικό τρόπο το γεγονός της στράτευσης όλων στο στόχο της πολιτικής αποκατάστασης των Ελλήνων.

Μετά τη δημιουργία του κράτους της Ελλάδας, γεννήθηκαν νέα εθνικά κράτη. Η Ρουμανία το 1862, το Μαυροβούνιο το 1860, η Σερβία το 1876, η Βουλγαρία το 1878 και η Αλβανία το 1913. Αλλά και στην ίδια τη Μικρά Ασία εμφανίστηκαν τάσεις ανεξαρτησίας στους Αρμένιους, στους Έλληνες του Πόντου και της Ιωνίας και αργότερα στους Κούρδους.

Την κατάσταση που επικρατούσε στη Μικρά Ασία περιγράφει γλαφυρά το 1909 η εφημερίδα "Ο Λαός", που εκδιδόταν στην Κωνσταντινούπολη : "Τουρκικός λαός λογιούνταν όλοι οι μουσουλμάνοι, δηλαδή οι πιστοί καθώς ονομαζόντουσαν μόνοι τους. Όλοι οι μουσουλμάνοι ήταν ίσοι αναμεταξύ τους. Όλοι μπορούσαν να γίνουν πασάδες ή στρατηγοί. Μα δεν παραδέχονταν για ίσους με τον εαυτό τους τους χριστιανούς και τους εβραίους παρά τους ονομάζανε γκιαούρηδες. Τους απογόνους των παλαιών κατοίκων τους ματαχειρίζονταν σαν ξένους. Δεν τους επέτρεπαν να γίνουν αξιωματικοί ή υπάλληλοι. Δεν τους δέχονταν για μάρτυρες στα τουρκικά δικαστήρια. Η τουρκική κυβέρνηση τους ανέχονταν μόνο, βάζοντάς τους να πληρώνουν ένα χωριστό φόρο, το χαράτσι. Τους ονόμαζαν ραγιάδες (κοπάδια) και δεν τους ήθελαν για άλλο τίποτα παρά για να τρέφουν το μουσουλμανικό λαό. Στις επαρχίες μόνο οι μουσουλμάνοι ήτανε γαιοκτήμονες. Οι χριστιανοί ήταν αγρότες, απαράλλαχτα όπως οι δούλοι στο μεσαίωνα. Πριν την κατοχή, οι χριστιανοί αυτοί ήσαν έθνη ανεξάρτητα και πάντα είχαν βαστάξει τη γλώσσα, τη φορεσιά τους και τις συνήθειές τους..."

Ο Μωάμεθ αντιλαμβανόμενος τον κίνδυνο που εγκυμονούσε για το κράτος του μια ενδεχόμενη συμμαχία των ηγεμόνων της Ανατολής, αποφάσισε να χτυπήσει πριν ισχυροποιηθούν οι αντίπαλοί του. Την άνοιξη του 1461 άρχισαν με απόλυτη μυστικότητα οι οθωμανικές προετοιμασίες. O Mωάμεθ B΄ ο Πορθητής , μεθοδικά κατέστρεψε το δίκτυο συμμαχιών της Aυτοκρατορίας. Παραπλανώντας αρχικά και καταλαμβάνοντας στη συνέχεια τη Σινώπη , που ήταν ένα αντιοθωμανικό μουσουλμανικό εμιράτο του Ισμαήλ, στράφηκε προς την Ανατολή με στόχο την άλωση της Τραπεζούντας. Εισέβαλε μέσω της Αμάσειας και της Σεβάστειας στην Αρμενία και κατανίκησε τα στρατεύματα του Σουλτάνου της Μεσοποταμίας, συμμάχου των Τραπεζουντίων.

Ο οθωμανικός στόλος απέπλευσε από τη Σινώπη και κατευθύνθηκε προς την Τραπεζούντα. Tον Iούλιο του 1461 τα οθωμανικά στρατεύματα με επικεφαλής τον εξωμότη Mαχμούτ, πρώτο εξάδελφο του μυστικοσύμβουλου του Δαβίδ Γεωργίου Aμοιρούτζη, πολιόρκησαν την Tραπεζούντα. O λαός της πόλης ήταν αποφασισμένος να προβάλει αντίσταση στην τουρκική απειλή. Mε μυστικές διαπραγματεύσεις Aμοιρούτζη με τον Mωάμεθ μέσω του Mαχμούτ, ο Δαβίδ πείστηκε να παραδώσει την πόλη έπειτα από πολιορκία 32 ημερών, ενάντια στη θέληση του λαού.

Στο Χρονικό της Μονεμβασίας αναφέρεται ότι ο Αμοιρούτζης και ο Μαχμούτ ήταν πρώτα ξαδέλφια και ότι ο Μωάμεθ κλήθηκε από τον Αμοιρούτζη: Και τούτος ο πρωτοβεστιάριος ήτον επίβουλος του Κυρ Δαβίδ, και αυτός έκαμε και τον Σουλτάνον και ήλθε κατά της Τραπεζούντος, και έκαμε τον Κυρ Δαβίδ και προσεκύνησεν. Παρά την παράδοση της πόλης, οι Oθωμανοί προέβησαν σε βιαιότητες κατά του πληθυσμού. Από τους κατοίκους της Τραπεζούντας απέμεινε μόνο το ένα τρίτο και αυτό υποχρεώθηκε να ζήσει στα προάστια της πόλης. Οι υπόλοιποι, είτε κατασφάχτηκαν από τους γενίτσαρους, είτε στάλθηκαν στη μισοερειπωμένη Κωνσταντινούπολη. Πολλοί διαμοιράστηκαν στους στρατιώτες για να τους υπηρετούν ως σκλάβοι. Οκτακόσιοι έφηβοι επιλέχτηκαν και υποχρεώθηκαν να ενταχθούν στον οθωμανικό στρατό.

Ο Μωάμεθ παρέμεινε στην πόλη μέχρι την επόμενη άνοιξη για να επιβλέψει την εφαρμογή των διαταγών του και την εξαφάνιση όλων των ιχνών του τελευταίου ελληνικού κράτους. O Δαβίδ με την οικογένειά του και την περιουσία του εγκαταστάθηκε στη Αδριανούπολη . Tέσσερα χρόνια αργότερα, ο Mωάμεθ τον εκτέλεσε, όπως και τους επτά γιους του. Πιθανότατα εκτελέστηκε για να πάρει ο Σουλτάνος το μεγαλύτερο μέρος του τραπεζουντιακού θησαυρού που είχε μεταφέρει ο Δαβίδ. Άλλη ερμηνεία είναι ότι ο Μωάμεθ φοβόταν ότι υπήρχε πιθανότητα να προσβλέπουν οι χριστιανοί στον Δαβίδ, ως τον τελευταίο εκπρόσωπο της ελληνικής αυτοκρατορίας.

Ως αφορμή αναφέρεται η ύπαρξη μιας επιστολής που απέστειλε στον Δαβίδ η Δέσποινα Αικατερίνη, σύζυγος του Χασάν Μπέη των Τουρκμένων -η μητέρα του οποίου ήταν Τραπεζούντια πριγκήπισσα- με την οποία ο Μωάμεθ διείδε την πιθανότητα προθέσεων παλινόρθωσης των Κομνηνών. Έτσι, οι Οθωμανοί κατάκτησαν όλο τον παλιό ελληνικό κόσμο. Η οσμανική πραγματικότητα βασιζόταν στην νομαδική παράδοση μιας φυλής κτηνοτρόφων πολεμιστών, η οποία ζούσε είτε από αυτά που παρείχε η φύση είτε από όσα μπορούσε να κατακτήσει με τη βία. Η ιδιοποίηση του μόχθου των παραγωγικών κοινωνιών και ατόμων υπήρξε θεμελιώδες γνώρισμα της τουρκικής εξουσίας.