Nαός με εξέχουσα θέση τόσο ανάμεσα στα μνημεία του Πόντου, όσο και ανάμεσα στα βυζαντινά μνημεία ευρύτερα, οφείλει τη σημασία της στη σύνδεσή της με ποικίλες ιστορικές και αρχαιολογικές παραμέτρους.

Πρόκειται για την πρωϊμότερη από τις εκκλησίες που σώζονται σήμερα στην Τραπεζούντα. Αποτελεί ένα μνημείο άμεσα συνδεδεμένο με τη δράση αξιωματούχων, οι οποίοι σε διάφορες περιόδους συνεισέφεραν στην ανακαίνισή του ή έκαναν απλές δωρεές. Τη σημασία του ναού υπογραμμίζει και η διαχρονικότητά του για περίπου 700 χρόνια, από τον 9ο ως το 15ο αιώνα, γίνονταν σ' αυτόν επεμβάσεις και δωρεές, όπως μαρτυρούν οι επιγραφές.

Στη βόρεια πλαγιά του όρους Μίθριον, ένα συγκρότημα ταπεινών θρησκευτικών καθιδρυμάτων αφιερωμένων στον άγιο Σάββα έχει αποδειχτεί πολύτιμο για την ιστορία της τέχνης. Αν και πρόκειται για απλά σπήλαια που θα λειτουργούσαν ως παρεκκλήσια ενός ευρύτερου μοναστηριακού συγκροτήματος ή ερημητηρίου, οι τοιχογραφίες που σώζονται αποσπασματικά σε αυτά εμπλουτίζουν τις γνώσεις μας για τη μνημειακή ζωγραφική των τριών τελευταίων αιώνων της βυζαντινής τέχνης. 

Ο λαξευτός ναός της Παναγίας Θεοσκεπάστου, ένα καθίδρυμα που συνδέθηκε στενά με την οικογένεια του Αλεξίου Γ΄ Μεγάλου Κομνηνού (1349-1390), φέρει έντονη τη σφραγίδα της ταφικής λειτουργίας του, όπως συμβαίνει και στην περίπτωση άλλων σημαντικών εκκλησιαστικών ιδρυμάτων της Τραπεζούντας.

Η "Μεγάλη Εκκλησία" της Τραπεζούντας και ίσως ο σημαντικότερος ναός της αυτοκρατορίας, η Παναγία Χρυσοκέφαλος, εντοπίζεται στη μέση πόλη, στο κέντρο ενός ευρύτερου κτηριακού συγκροτήματος. Η παράδοση αποδίδει την επωνυμία "Χρυσοκέφαλος" είτε στη χάλκινη κάλυψη των πλακών του τρούλου του ναού, που από μακριά φάνταζε χρυσός, είτε στην ύπαρξη σε αυτόν εικόνας της Θεοτόκου με ανάλογη χρυσή επένδυση.