Από την επόμενη λοιπόν ημέρα που καταλύθηκε η εξουσία των Μεγάλων Κομνηνών και κυριεύτηκε η Τραπεζούντα, το τελευταίο προπύργιο του Ελληνισμού στην Ανατολή, ένα μέρος από τους κατοίκους της κατέφυγε στα βουνά ( όπου υπήρχαν ακόμη μικρές αδούλωτες περιοχές ), ένα άλλο μέρος μεταφέρθηκε στην μισοερειπωμένη Κωνσταντινούπολη για να ζήσουν εκεί και ένα τρίτο υποχρεώθηκε να κατοικήσει έξω από την πόλη και μάλιστα σε απόσταση από αυτήν.
Η μερίδα αυτή του λαού της Τραπεζούντας που εκδιώχθηκε έξω από την πόλη, εγκαταστάθηκε στα ανατολικά, κυρίως γύρω από την εκκλησία του Αγίου Φιλίππου και δυτικά γύρω από την Αγία Σοφία. Και είναι χαρακτηριστικό αυτό γιατί η εκκλησία μετά την υποδούλωση μετά την υποδούλωση και του Πόντου, έγινε η ασπίδα στις ορμές των βαρβάρων αλλά και η στέγη κάτω από την οποία κρατήθηκε άσβεστη η φλόγα του Ελληνισμού και της Ορθόδοξης πίστης.
Το αποκορύφωμα μιας τέτοιας βάρβαρης λογικής, ενός απολίτιστου λαού. Μέσα από αυτούς που διώχθηκαν να κατοικήσουν γύρω από την Τραπεζούντα ο Μωάμεθ διάλεξε τους ωραιότερους και νεότερους Πόντιους, τους πήρε στην υπηρεσία του και τους χρησιμοποίησε ως οπλίτες ή τους ανέθεσε άλλα καθήκοντα στην πλούσια Αυλή του. Πολλούς από τον κοινό λαό τους μοίρασε σαν σκλάβους στους στρατιώτες του και οι οποίοι ήταν υποχρεωμένοι να τους υπηρετούν στις σκηνές, στα σπίτια, ακόμη και στις εξωτερικές τους μετακινήσεις.
Στα σπίτια που εγκαταλείφθηκαν, μετά τη βίαιη απομάκρυνση των Ποντίων, ο Μωάμεθ έφερε και εγκατέστησε Τούρκους από άλλες περιοχές, αλλοιώνοντας έτσι ολοκληρωτικά την πληθυσμιακή υπεροχή των Ελλήνων, στο δε Αυτοκρατορικό παλάτι των Κομνηνών τοποθέτησε τον υποναύαρχο του ναυστάθμου της Καλλίπολης, δίνοντας του συγχρόνως και τον τίτλο του πασά.
Ο ίδιος ο Μωάμεθ έμεινε στην Τραπεζούντα όλο τον χειμώνα και τότε μόνο αναχώρησε, όταν όλες οι εντολές του εκτελέσθηκαν και αλώθηκαν όλες οι πόλεις και τα χωριά του Πόντου. Και τα χρόνια, από την μαύρη εκείνη μέρα της άλωσης, άρχισαν να κυλούν και μια καταχνιά σκέπασε απ' άκρη σ' άκρη τη γη του Πόντου.
Βλέποντας όμως οι Τούρκοι με το πέρασμα του χρόνου ότι πέρα από τα σατανικά σχέδια εξόντωσης των υπόδουλων, είχαν ανάγκη από ορισμένα επαγγέλματα, άγνωστα σ' αυτούς, άρχισαν να φέρονται πιο ήπια στους Χριστιανούς και σιγά-σιγά να τους πλησιάζουν, δίνοντας συγχρόνως το δικαίωμα στους Έλληνες να συγκεντρώνονται όλο και πιο κοντά στην πόλη και να σχηματίζουν τις πρώτες ενορίες. Η κίνηση αυτή άρχισε μετά από έναν αιώνα περίπου, αφότου εγκαταστάθηκαν οι Τούρκοι ως αφέντες στην γη του Πόντου. Πολλά επαγγέλματα στα χέρια των Ποντίων άρχισαν να ανθίζουν, πολλές τέχνες, μα κυρίως το εμπόριο το οποίο από αρχαιοτάτων χρόνων, λόγω της γεωγραφικής θέσης του Πόντου, όπως είπαμε και παλιότερα, ήταν η πρώτη πηγή πλούτου των Ελλήνων.